وأكدت الهيئة علي إستعدادها التام لسرعة مواجهة أى عارض يؤثر على أمان وسلامة مسير القطارات من خلال غرفة طوارئ رئيسية إلى جانب غرف طوارئ منتشرة على مستوى مناطق الهيئة.
وبحسب الهيئة، تشمل خطة الطوارئ متابعة حركة القطارات على خطوط الهيئة بالوجهين البحري والقبلي واتخاذ الإجراءات الإحترازية للحفاظ على سلامة الركاب والعاملين.